Tienden a tener factores de forma PCIe porque es un bus moderno usado en muchas aplicaciones de alta velocidad. Actualmente estoy desarrollando una aplicación PCIe Gen3x8 alrededor de Altera.
Pero si no necesita la capacidad PCIe, es posible usar estas tarjetas de forma independiente. Suelen tener fuentes de alimentación externas que pueden usarse si no están conectadas a una placa base. También puedes quitar fácilmente el soporte PCIe de ellos y luego se pueden montar horizontalmente en algo.
Si desea PCIe, pero solo tiene una computadora portátil, esto también es posible. Puede obtener una tarjeta Express para el adaptador PCIe (he usado el de OneStopSystems). Sin embargo, tenga en cuenta que estos son solo Gen1 de carril único. En mi proyecto actual, he intentado conectar mi diseño Gen3x8 a través de uno de estos backplanes a una computadora portátil y se negocia correctamente a Gen1x1 y funciona perfectamente (aunque considerablemente más lento).
Puede obtener placas de desarrollo para USB 3.0 que son independientes. Creo que hay un ciprés, por ejemplo. Pero el USB, incluso 3.0, es generalmente mucho más lento que las capacidades de los FPGA de gama alta; de hecho, muchos de los FPGA pueden ir más rápido de lo que pueden manejar USB3 o PCIe3.
La otra ventaja distintiva de PCIe sobre otros buses, es que la mayoría de los FPGA de gama alta ya tienen transceptores CML incorporados, lo que significa que pueden conectarse directamente a señales PCIe sin la necesidad de circuitos integrados externos. Ethernet y USB, por otro lado, tienden a requerir chips PHY externos, por lo que resultan en diseños más complejos (y caros).