Como es un FPGA, puedes usar cualquier GPIO que quieras para hacer SPI. Está definiendo el SPI en un nivel de hardware y puede adjuntarlo donde desee (dentro de lo razonable).
Los FPGA generalmente solo tienen hardware dedicado para cosas como serialización de alta velocidad, núcleos de microprocesadores (consulte la familia Xilinx Zynq o Altera Cyclone V), o interfaces de memoria (incluidos los bloques de memoria dedicados). Todo lo demás está completamente definido por ti (lo que es increíble).
Los pines SPI dedicados son en realidad para fines de configuración. Se puede conectar una memoria flash SPI a esos pines y el FPGA lo leerá cuando se inicie para cargar su flujo de bits de configuración. La sección "Configuración" en el manual de la familia Spartan-6 habla sobre el uso de SPI para inicializar el dispositivo. Por lo general, hay una lista de dispositivos flash SPI compatibles en algún lugar de las hojas de datos y los manuales de referencia. El Spartan-6 es muy popular, por lo que estoy seguro de que no tendrá problemas para encontrar información sobre esos dispositivos si decide utilizar SPI para configurar su FPGA.
Respuesta corta: en realidad, no desea usar esos pines para su interfaz SPI. Estos pines en particular están diseñados para configurar automáticamente el dispositivo cuando se inicia.
Lea otras preguntas en las etiquetas microcontroller fpga gpio xilinx