Si entiendo su configuración correctamente, desea enviar una señal desde el Arduino a la Raspberry Pi.
El raspi se configura como activación de entrada, y el GPIO se alimenta con una fuente de alimentación de 3.3 V, mientras que el Arduino se alimenta a través de una fuente de 5 V.
Tienes dos posibilidades:
Configura el pin Arduino como drenaje abierto, para que solo pueda tirar del raspi bajo
Configura el Arduino para empujar y arrastrarlo, y cuando quieras liberar la línea, configúralo como entrada.
Definitivamente, me gustaría ir con la primera opción, es simple y limpio.