Mini-USB es un desastre que está por ocurrir (en mi opinión y experiencia).
La vida útil de la extracción por inserción es baja: uno de los principales factores abordados con micro-USB fue un aumento en la vida útil.
Si estuviera haciendo lo que usted describe, elegiría USB-B (es decir, tamaño completo) como la opción de trabajo para el desarrollo y solo lo cambiaría si hubiera razones importantes para hacerlo. Tenía esta opción hace unos años y fui con USB-B. El producto no se concretó, pero anticipo su uso en un rol similar en el futuro.
Micro-USB es superior a Mini en muchos aspectos. La capacidad actual ha disminuido en la mayoría de los casos, pero algunos fabricantes hacen (o afirman) versiones actuales más altas.
Micro-USB es el nuevo conector estándar de carga para teléfonos móviles internacionales. No afecta su aplicación directamente, pero significa que NO ser compatible con Micro-USB evitará algunos complementos aleatorios.
Independientemente de lo que elija, si se puede mojar, debe limitarse de manera que le otorgue una calificación IPxx formal que se adapte a sus necesidades.
Mecánicamente, USB-B es muy robusto y resistente al uso diario. Todavía no he visto un conector Micro-USB dañado, pero no pasan la prueba de prueba del soldado y probablemente también la persona apresurada en la prueba de oscuridad. Incluso el USB-B se beneficiaría de una guía de conexión que aumenta la tasa de éxito de la conexión en la oscuridad.