simular este circuito : esquema creado usando CircuitLab
Figura 1. Versión reorganizada del circuito del OP.
En lugar de agregar un capacitor de bloqueo de CC, una mejor manera es hacer referencia al CT con la mitad del suministro y luego puede tomar medidas analógicas desde el otro extremo del CT, que alternará por encima y por debajo de la mitad del suministro.
Esta solución le da un pequeño problema que necesita averiguar dónde está su valor analógico para AC 0 A y esto puede no ser posible si ya hay flujo de corriente cuando su micro está encendido. La solución es fácil: use un segundo AIN para monitorear el voltaje de referencia. Debe esperar al encendido hasta que el voltaje sea estable (y sus valores de R2 y R3 pueden ser un poco altos) y luego muestrelo ocasionalmente para detectar cualquier deriva.
Dependiendo de las sobrecargas que creas que necesitas manejar, una simple resistencia en serie limitará la corriente a un nivel seguro para que lo manejen los diodos de protección de entrada. No estoy familiarizado con el chip por lo que necesita confirmar esto. Alternativamente, un par de diodos en los rieles de suministro probablemente sean suficientes.