Cuente el número de bloques escritos por segundo .
Probablemente pueda conectarse a las interrupciones SDIO o al controlador para obtener un incremento de entero en algún lugar. O puede que ya tenga esto, verifique la documentación.
Luego en el systick, por ejemplo, vea cada 1 segundo cuántos bloques se escribieron. Y restablece el entero.
O use el hilo de datos que produce, e incremente un entero cada byte que escriba en el flujo de archivos. Luego vea qué tan grande es este número cada 1 segundo y elimínelo.
Por ejemplo, printf y las funciones relacionadas a menudo devuelven el número de bytes escritos.