Estoy utilizando una placa fpga spartan 3E-100 CP132 para mostrar una imagen plus básica en un monitor. He intentado usar 800x600 72 hz y 640x480 60 Hz, pero siempre obtengo líneas verticales distorsionadas. ¿Es porque el oscilador a bordo es de silicona pero no de cristal, por lo que no es lo suficientemente preciso? ¿Hay alguna manera de evitar esto? He puesto la imagen que obtengo 
Sí, es porque estás usando el oscilador "silicio".
La placa basys2 también proporciona un zócalo para un oscilador de cristal. Si conecta un oscilador de cristal y usa su señal de reloj, desaparecerá la vibración y la imagen VGA estará bien. Lo he intentado yo mismo.
BTW: El manual te informa sobre eso:
El oscilador de silicio primario es flexible y Barato, pero carece de la estabilidad de frecuencia de Un oscilador de cristal. Algunos circuitos que conducen un El monitor VGA puede realizar una leve mejora en estabilidad de la imagen mediante el uso de un oscilador de cristal instalado en el zócalo IC6. Para estas aplicaciones, un oscilador de cristal de 25MHz (o 50MHz), disponible de cualquier distribuidor de catálogo, se recomienda
("puede realizar una leve mejora" es una subestimación fuerte)
Consulte la página 3 en el manual de Basys2 .