Atmel AVR1916: USB DFU Boot Loader for XMEGA application note informa que para el ATxmegaxxxA1U el pin para iniciar el la programación es PF10, pero los dispositivos no tienen ese pin, como se muestra en hoja de datos .
En la web, el problema está resaltado aquí y aquí pero no se da ninguna respuesta.
En particular, el último enlace informa que PF0 no funcionó. El código para otros dispositivos tiene una coincidencia entre ISP_PORT_PINCTRL e ISP_PORT_PIN (5 y 5, 3 y 3, ...) pero A1U parece no hacerlo.
00068 #if XMEGA_A1U
00069 # define ISP_PORT_DIR PORTF_DIR
00070 # define ISP_PORT_PINCTRL PORTF_PIN5CTRL
00071 # define ISP_PORT_IN PORTF_IN
00072 # define ISP_PORT_PIN 0
00073 #elif (XMEGA_A3U || XMEGA_A3BU)
00074 # define ISP_PORT_DIR PORTE_DIR
00075 # define ISP_PORT_PINCTRL PORTE_PIN5CTRL
00076 # define ISP_PORT_IN PORTE_IN
00077 # define ISP_PORT_PIN 5
00078 #elif XMEGA_A4U
00079 # define ISP_PORT_DIR PORTC_DIR
00080 # define ISP_PORT_PINCTRL PORTC_PIN3CTRL
00081 # define ISP_PORT_IN PORTC_IN
00082 # define ISP_PORT_PIN 3
00083 #elif XMEGA_B
00084 # define ISP_PORT_DIR PORTC_DIR
00085 # define ISP_PORT_PINCTRL PORTC_PIN6CTRL
00086 # define ISP_PORT_IN PORTC_IN
00087 # define ISP_PORT_PIN 6
00088 #else
00089 # error Unknow AVR Xmega part
00090 #endif