Algo tan simple como esto debería facilitar el conteo de los pulsos:
simular este circuito : esquema creado usando CircuitLab
Así que la idea es rectificar el pulso, introducirlo en un Gatillo Schmitt y usar una interrupción en el microcontrolador para contar los pulsos. En el esquema hay una puerta que no invierte. Se supone que esto es representativo de un hexágono de 74HC14 que invierte el gatillo Schmitt. Estos son muy baratos y muy comunes. La inversión no hace ninguna diferencia en la solución, ya que la interrupción en el microcontrolador se activará de ALTO a BAJO en lugar de de BAJO a ALTO.
Dado que el cambio de voltaje es potencialmente pequeño, es posible que desee considerar el uso de un diodo Schottky para reducir el efecto del voltaje directo de los diodos. También asegúrese de que el voltaje rectificado sea suficiente para activar el disparador Schmitt.
EDITAR: para que esto funcione, deberá eliminar la polarización de CC de la señal agregando un condensador en serie con el diodo.