Está utilizando el transistor como un "seguidor de emiiter", por lo que la corriente de base es lo que debe ser para satisfacer la ecuación beta del transistor para la corriente a través del emisor. No sé qué resistencia emisora (o LED) está usando, por lo que no puedo decirle qué corriente esperar, pero 40 uA x beta (por ejemplo, 100) proporciona una corriente de emisor de aproximadamente 4 mA.
Dado que la base puede ser tan alta como 5 V y es probable que el LED no necesite más de 2 voltios para funcionar, el uso de un seguidor de emisor (colector común) es una manera perfectamente buena de suministrar la corriente necesaria .
Si su medidor está configurado para leer la corriente continua, entonces debe lidiar adecuadamente con la señal PWM superpuesta y leer con bastante precisión. Además, en este tipo de configuración no necesita una resistencia de base (solo se intenta eliminar lo que se ha dicho en los comentarios).