Estoy teniendo el mismo problema, y en el momento de esta publicación no lo he resuelto.
El problema parece ser que el chip convertidor USB-serie se está lavando, lo que significa que su firmware ya no funciona correctamente. Dependiendo de su tablero, esto podría ser un ATmega 16u2 o (como en mi caso) 8u2.
En la pizarra verás dos encabezados de ICSP. Uno cerca del chip grande, que es para cargar el cargador de arranque en el 2560, mientras que el otro está cerca del puerto USB, este es el que se usa para programar el 16u2 / 8u2. Necesitará un programador STK500, el software Flip de Atmel (en Windows) y el archivo .hex de firmware provisto en su carpeta arduino-1.0.x / hardware / arduino / firmwares / arduino-usbserial /. También puede usar otro arduino, cargado con el boceto ArduinoISP en lugar del STK500 y la línea de solicitud de cmd
avrdude.exe -C [pathToArduinoFolder]\arduino-1.0.1\hardware\tools\avr\etc\avrdude.conf -c arduino -p at90usb82 -P [COM_Port_where_arduinoISP_is_connected] -F -U flash:w: [pathToArduinoFolder]\arduino-1.0.1\hardware\arduino\firmwares\arduino-usbserial\arduino-usbserial-mega.hex
Esto es todo lo que he conseguido, el programa funciona bien, pero el 8u2 que estoy intentando programar parece no estar respondiendo.
Espero que esto ayude, si soluciona su problema con el segundo enfoque, hágamelo saber.