No, puede conectar el ATmega directamente al FT232, etc.
En general, una salida de nivel TTL o CMOS no necesita una resistencia limitadora de corriente cuando está conectada a una entrada equivalente. Las razones para incluir una resistencia limitadora de corriente pueden ser
limitación de daños cuando la salida se conecta accidentalmente a tierra, a la alimentación u otra salida
amortiguación de oscilaciones & limitación de la velocidad de borde, principalmente para conexiones relativamente largas (no es probable que sean necesarias para el diseño de PCB promedio)