Hay un par de razones por las que verás mucho ruido con este circuito:
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Sin filtro anti-aliasing. TIENE QUE colocar un filtro analógico (incluso un filtro RC simple) antes del ADC para filtrar las frecuencias más altas que su frecuencia de nyquist . Si no lo hace, el ruido en estas frecuencias más altas se reducirá al alias a todas las demás frecuencias que mire y desordenará su señal.
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Está utilizando un ADC diferencial pero no está transmitiendo una señal diferencial (simplemente vinculó el pin negativo a su referencia de voltaje). Además, casi todos los ADC diferenciales requieren que el promedio de los voltajes en el pin +/- SIEMPRE se encuentre dentro de un rango pequeño, y su ADC no es diferente (los que he trabajado simplemente se desquician si no lo hace). Consulte la hoja de datos de su ADC . La Figura 48 tiene una configuración idéntica a la que estás tratando de hacer: usa esa configuración y estarás bien
Una última nota, como respuesta directa a su pregunta, la selección de una frecuencia para su filtro depende completamente de las frecuencias que le interesan. El verdadero ruido es "blanco" y tendrá componentes en todas las frecuencias. Lo mejor que puedes hacer es filtrar cada frecuencia que no te interese para eliminar la mayor cantidad de ruido posible. Si eso no es lo suficientemente bueno, tienes problemas más profundos.