He hecho este tipo de cosas varias veces en el pasado para varios sistemas integrados, y realmente no es tan difícil. Normalmente uso un VCXO COTS y un FPGA para implementar la lógica, nada exótico.
Primero que nada, lo que realmente quieres hacer es generar un pulso de 1 pps de "réplica" usando tu reloj de 24.576 MHz. Luego, utiliza información que varía la tensión de control de VCXO para alinear en fase este pulso con el pulso de referencia proveniente del receptor GPS, lo que también significa que su VCXO está bloqueado en frecuencia con la base de tiempo del GPS.
Use el impulso de réplica para controlar el resto de su lógica, en lugar del impulso de referencia. El primero, por definición, se alineará de manera precisa con su reloj local.
La precisión con la que necesita que se alineen los flancos ascendentes de los dos pulsos determinará qué tan difícil será esto. La mayoría de los receptores GPS proporcionan un pulso que tiene un orden de error de ± 50 ns (jitter). Lograr que su réplica de pulsos llegue a un nivel similar no es tan difícil.