Son recursos diferentes para cosas diferentes. No puedo hablar específicamente con el LPC1768, pero generalmente los temporizadores periféricos pueden usarse para disparar o alimentar otros periféricos (es decir, una lectura ADC o una salida PWM) mientras que el temporizador central no puede. Además, generalmente los periféricos se pueden apagar para ahorrar energía, mientras que el temporizador central se ejecutará de todos modos.
Si solo va a estar allí para proporcionar una marca de software, entonces no solo es ideal el temporizador central, sino que también puede hacerlo funcionar una vez y luego usar ese código en otros dispositivos Cortex M, cualquiera sea el dispositivo.