Los TEC no son mágicos: no destruyen el calor. Eso sería una violación de la conservación de la energía.
Todo lo que hacen es bombear calor de un lado de sus placas al otro usando algo de energía. Cuando hace que un lado se enfríe, todavía necesita enfriar el otro lado de la placa. El otro lado de la placa probablemente se pondrá bastante caliente, más caliente que la CPU sola.
Los TEC no son muy buenos para cargas térmicas constantes, por lo que probablemente no vayas a ningún lado con esta configuración. No tengo ningún número para respaldar esto, pero es probable que veas una pequeña disminución de temperatura en la CPU mientras tu disipador de calor se calienta mucho más. No es una buena idea si estás tratando de reducir las velocidades del ventilador.