Puede que haya mejores formas de las que acabo de pensar, ya que solo soy un aficionado, pero podría tener una puerta AND en cada salida PWM, con sus señales PWM en una entrada y una señal de 'alternar' en la otra entrada. Dado que una compuerta AND necesita ambas entradas altas para que su salida sea alta, no habrá salida sin la señal de "habilitación". Para asegurarnos de que cuando uno está encendido, el otro está apagado, podemos usar una opción "no gate" antes del segundo AND. Finalmente, necesitamos una compuerta XOR para evitar el error que cometí anteriormente: un estado en el que una Y da salida hi y la otra baja. Esto causaría un cortocircuito como se señala en los comentarios a continuación.
simular este circuito : esquema creado usando CircuitLab