La respuesta más simple es que los flip-flops D son MÁS complicados que los JK. Lógicamente, un D FF es un JK FF con un inversor adicional entre las entradas J y K, como por ejemplo
simular este circuito : esquema creado usando CircuitLab
mientras convertir una D en una JK requiere mucha más lógica (que soy demasiado perezosa para dibujar. Confía en mí)
así que conceptualmente un JK es más simple por una puerta. Por supuesto, esto puede no reflejarse en el conteo real de transistores, pero no soy un experto en diseño de circuitos integrados.
Y si bien es cierto que las dos pueden ser equivalentes con algunas puertas adicionales, algunas funciones lógicas requieren menos puertas externas dependiendo de la función deseada. Todo depende.
Si su pregunta subyacente es: "¿Por qué nos hacen estudiar chancletas JK cuando los DFF son más simples?" la respuesta es que los JK FF son más versátiles, específicamente debido a la tabla lógica más compleja.
Y finalmente, tienes la secuencia histórica equivocada. Las chancletas JK se produjeron antes de los tipos D debido a su naturaleza más general. Por ejemplo, en la serie 7400 TTL clásica, el primer flip flop es el 7470, un JK cerrado. El primer tipo D es el 7474, aunque eventualmente eso eclipsó a otros tipos.