Si su cable es lo suficientemente largo o pequeño como para que haya una caída de voltaje significativa en él, eso significa que en su segunda configuración, cada batería verá una carga significativamente diferente.
La batería más alejada de la carga ve los cables largos como una resistencia en serie con la carga. Por lo tanto, se extraerá menos corriente de esta batería.
La batería más cercana a la carga ve muy poca resistencia de los cables en serie con la carga. Por lo tanto, se extraerá más corriente de esta batería.
Por lo tanto, la batería más cercana a la carga se descargará más rápido que las otras. Probablemente esto no sea bueno, ya que pone más desgaste en esa batería.
También hay un problema similar con la resistencia diferente entre las baterías desde la perspectiva del controlador de carga. Cuando las baterías no están llenas, la batería más cercana al controlador de carga tomará más corriente. Solo si está cargando a una corriente lo suficientemente baja como para que la caída de voltaje en el cable sea significativa, las tres baterías alcanzarán una carga igual.
Tal vez si las cargas también se distribuyen a través del cable, podría haber algún mérito para este sistema. Sin embargo, en ese caso, creo que podría tener más sentido ejecutar cada carga desde una batería independiente.
Yo diría que la mejor solución es usar un cable más grueso, lo que reducirá la resistencia de ese cable y, en consecuencia, la caída de voltaje y la pérdida de energía (y riesgo de incendio, suponiendo un interruptor automático seleccionado correctamente).
Otra solución es aumentar la tensión en un extremo y luego reducir la tensión en el otro extremo. O simplemente diseñe todo el sistema para que funcione a un voltaje más alto. La potencia de mantenimiento constante, aumentando el voltaje disminuye la corriente y, en consecuencia, las pérdidas por resistencia en el cableado. Esta es precisamente la técnica utilizada por los servicios eléctricos, donde los cables son aún más largos.