Cuando compras Arduino, el chip (Atmega8U2 / 16U) ya viene programado con firmware. Se puede actualizar utilizando el protocolo DFU, generalmente compatible con muchos dispositivos USB. Si compra el chip solo, tendrá que cargar el mismo firmware primera vez utilizando el mecanismo ISP normal.
Habiendo dicho eso, el firmware en Atmega8U2 / 16U es un simple puente USB-a-UART, por lo que definitivamente puede sustituirlo por FTDI o el puente de hardware de Silicon Labs.
Supongo que una vez que se inicie la comunicación entre mi computadora portátil a través de usb a mi micro vía uart, podría usar cualquier IDE para programar este chip
La conexión eléctrica entre USB y UART mediante cualquier chip puente no significa comunicación. Necesita un software que se ejecute en el microcontrolador y que escuche UART. El software se llama "cargador de arranque" y se debe cargar la primera vez utilizando un método alternativo.
Para ATMega328P, este método alternativo es el mismo ISP utilizado para programar el firmware en el puente USB ATmega8U.
Sin embargo, está utilizando el microcontrolador Dialog, que parece ser una variante de Cortex-M0. La documentación en el sitio de diálogo requiere registro, por lo que no puedo ver eso. Desde este documento parece que las MCU de Dialog utilizan un mecanismo complejo con dos cargadores de arranque, uno de que puede ser reemplazado por el suyo, otro parece estar grabado en la memoria OTP (Programable por única vez) en la fábrica.
Si ese es el caso, entonces conectar USB a puerto UART con FTDI sería suficiente para comenzar el desarrollo. Alternativamente, puede usar JTAG para cargar su aplicación directamente en la RAM (denominado modo de desarrollo en la documentación)
Usted mismo debe resolverlo si tiene acceso a la documentación. Hay información aquí
Para que el usuario pueda simplemente conectar un cable USB y poder comunicarse con el chip y arrancarlo
Aquí hay algún problema con la terminología. Cuando dices "el usuario", ¿te refieres a ti mismo o "usuario final"? Debido a que los usuarios finales no "inician el chip", conectan el dispositivo al puerto USB (o suministran energía por otros medios) y se inicia a sí mismo.
El hecho de que puedan o no comunicarse con él depende completamente del software que cargue. Sin ese software, ellos (o usted) podrían poder comunicarse con el gestor de arranque existente y cargar sus propios programas, como se explicó anteriormente.
Si en "comunicarse" quiere decir algo diferente a cargar una aplicación desde IDE, el chip FTDI no lo ayudará. Por ejemplo, usted desea admitir el protocolo DFU (para que los usuarios finales puedan actualizar el software fácilmente), o si desea que su dispositivo aparezca en la PC como algo más (por ejemplo, un dispositivo de entrada o de almacenamiento), entonces tiene que cambiar la clase de dispositivo USB. No puedes hacer esto con el chip FTDI.
ACTUALIZACIÓN
Como @ chris-stratton declaró en los comentarios a continuación, es altamente recomendable agregar al menos un marcador de posición para SWD (conector de depuración de corteza de 10 pines), incluso si hay otros métodos de programación disponibles. Le ahorrará muchos dolores de cabeza a largo plazo.