Puede manejar las baterías en paralelo si tienen la misma química, solo capacidades diferentes.
Lo único que realmente puede preocuparse es conectarlos en paralelo mientras tienen diferentes voltajes debido al diferente estado inicial de carga.
Conéctelos con tres resistencias como en la siguiente imagen y deje que se ajusten al mismo voltaje.
simular este circuito : esquema creado usando CircuitLab
Una vez que hizo eso, conéctelos firmemente en paralelo (no con conectores, suelde los cables) como precaución si alguien piensa retirar y reemplazar solo una batería sin igualar primero los voltajes. Ponga una etiqueta de advertencia porque es algo peligroso hacerlo. También puede pegarlos permanentemente juntos.
También use un cargador con clasificación ligeramente inferior a 1300 mA para compensar la impedancia interna no proporcional a la capacidad, entiendo que usted usa baterías que solo difieren en tamaño y capacidad, la misma química del mismo productor, por lo que no será un problema.
También puedo notar que crea una confusión, puede tener más de 1300mA de corriente máxima con solo un paquete de 350mAh, la máxima corriente máxima no es igual en valor con la capacidad. La capacidad (en mAh) viene dada por el tiempo máximo en batería (horas) multiplicado por la corriente promedio (no el pico, en mA). La corriente de pico la proporciona el fabricante y puede tener una capacidad de hasta 40 veces mayor (14A para su batería de 350 mh), debe leer las especificaciones del fabricante.