Cuando la corriente de alta frecuencia pasa por un superconductor, ¿sigue irradiando como lo haría con el cobre?

Sí. Independientemente de la resistencia en un conductor, cuando fluye una corriente que varía en el tiempo, da lugar a un campo magnético que varía en el tiempo fuera del conductor. Cuando las condiciones son las adecuadas, ese campo magnético variable en el tiempo dará lugar a una onda electromagnética transversal (TEM).

En otras palabras, una antena construida a partir de elementos superconductores aún funcionaría como una antena. El hecho de que la resistencia en serie sea cero no impide que la antena funcione.