Si tiene control sobre el firmware que controla el eMMC, genere un pulso de sincronización en un GPIO no utilizado (o no crítico). Luego use este pulso para sincronizar su alcance con el host; ahora puede diferenciar la entrada / salida por la demora de la sincronización. Por ejemplo, haga que el controlador genere sincronización y envíe inmediatamente un comando de sondeo en CMD. Ahora puede ver ese comando (salida CMD) e inmediatamente después será la respuesta (entrada CMD).
Si no tiene acceso al firmware, intente colocar una resistencia en serie con la señal. La señal será un voltaje ligeramente inferior en el lado descendente de la resistencia. Experimente con valores de resistencia para encontrar uno que produzca una caída de voltaje detectable sin destruir la señal demasiado. Si tiene suerte, es posible que ya haya una resistencia en su lugar para filtrar el ruido y puede trabajar con eso.