AVR ATmega644p: no se puede borrar el pin OC0A en modo CTC

Hice una pistola de infrarrojos para controlar la TV (encendida y apagada) basada en ATmega644p. Estoy usando Timer0 en modo CTC para generar una forma de onda de 38 kHz. Este es el código:

#include <mega644p.h>
#include <delay.h>

void start_waveform(void);
void stop_waveform(void);

// IR singal pattern
int ir_signal[] = { 
    1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, -1,
    1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, -1,
    1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, -1,
    1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 2  
};
int index;

void main(void) 
{
    // Pin input for button (PB0)
    DDRB &= ~(1 << 0);
    // Pin output for IR LED (OC0A) (PB3)  
    DDRB |= (1 << 3);  

    TCCR0A |= 
        // Toggle OC0A at compare match
        (1 << COM0A0) |
        // Mode 2 CTC
        (1 << WGM01);

    // Make 38kHz output frequency (F_CPU = 16MHz, Prescaler = 8)   
    OCR0A = 25;     

    while (1)
    {
        // If button is pressed
        if (!(PINB & (1 << 0))) 
        {
            // Transmitt IR signal   
            for (index = 0; index < 64; index++) 
            {
                if (ir_signal[index] == -1)
                {
                    start_waveform();
                    delay_us(280);   
                    stop_waveform();
                    delay_ms(45); 
                } 
                else if (ir_signal[index] == 0) 
                {
                    start_waveform();
                    delay_us(280);   
                    stop_waveform();   
                    delay_us(760);
                }
                else if (ir_signal[index] == 1) 
                {
                    start_waveform();
                    delay_us(280);   
                    stop_waveform();  
                    delay_us(1780);
                }
                else if (ir_signal[index] == 2) 
                {
                    start_waveform();
                    delay_us(280);   
                    stop_waveform();
                }
            }

            delay_ms(500);     
        }
    }
}

void start_waveform()
{
    // Start waveform at prescaler = 8    
    TCCR0B |= (1 << CS01);  
}

void stop_waveform()
{
    // Stop waveform  
    TCCR0B &= ~(1 << CS01);
}

Este código funciona para encender y apagar el televisor, pero el problema es; A veces, después de que finaliza la señal IR, el LED IR sigue encendido. He intentado agregar código para asegurarme de que el PB3 esté apagado usando este código, pero no funciona:

void stop_waveform()
{
    // Stop waveform
    TCCR0B &= ~(1 << CS01);
    // Make sure PB3 is turn off
    PORTB &= ~(1 << 3);
}

Tengo curiosidad por saber qué hay de malo con este código?