Primero que todo, por "la mejor manera" asumo que te refieres a la manera más eficiente para la misma potencia de entrada del motor de CC.
La ley física para la generación de electricidad, aquí, es la Ley de Faraday. La Ley de Faraday establece que la fuerza electromotriz generada en un conductor es proporcional a la tasa de cambio del campo magnético en el conductor. De acuerdo con esta ley, no hay diferencia entre mover la bobina o mover el imán; tienen el mismo efecto.
Su pregunta es más sobre las prácticas, es decir, la configuración de los circuitos reales. Sus dos propuestas de generación actual darán como resultado una corriente alterna. En el primer método que propuso, puede usar el conmutador para cambiar esta corriente alterna a corriente continua. Pero en el segundo método que propuso, no puede usar el conmutador, por lo tanto, tendrá corriente alterna. En realidad, puede crear un diseño de conmutador, pero debería ser más complicado de lo que se usa para los arreglos de bobina giratoria.
Al final del día, ambos métodos resultarán en la misma eficiencia, asumiendo que todos los demás efectos son los mismos. Su decisión debe ser sobre si desea corriente alterna o corriente continua.