El propósito del temporizador del perro guardián es restablecer la MCU en caso de que ocurra una falla de hardware o software. Lo hace generando una interrupción a ciertos intervalos y, si la interrupción no recibe servicio en un período de tiempo específico, restablece la MCU.
En general, el resultado de un restablecimiento a mitad del programa dependerá de qué hardware exacto controla la MCU y en qué estado se encuentra.
Para el reloj que está construyendo, no me preocuparía por esto, ya que cualquier tipo de falla no será crítica. Yo diría que no dude en desactivar el temporizador del perro guardián para ahorrar energía, pero como este no es un proyecto de hobby / diy, discuta el impacto de esto con su cliente.