No sé la frecuencia de conmutación de su plataforma, pero 10uF es una capacitancia bastante alta, la impedancia de ese tipo a 1kHz es de aproximadamente 16 \ $ \ Omega \ $, eso es bastante bajo.
Su simulador probablemente modela el transformador con algunos inductores más algunos resistores en serie, estas resistencias se encuentran en el estadio de pelota de 10 \ $ \ Omega \ $. Supongo que su frecuencia de conmutación es bastante más alta, por lo que el voltaje que mide en la salida es solo una fracción de lo que puede tener.
Use un condensador más pequeño (que depende de la carga que desea conectar a la parte de alto voltaje) y verá un aumento de voltaje hasta los 4kV que estaba esperando.