¿Podría establecerse esto simplemente escribiendo un valor de (255-Value) -para 8bit PWM?
(255 - valor) es la mejor opción, ya que no requiere más hardware.
Figura 1. Transición de la señal PWM de ancho de pulso alto (75%) a bajo (25%) y viceversa. La amplitud de la nota permanece constante.
PWM cambia entre V + y GND. Si invierte la lógica, seguirá cambiando entre esos dos voltajes.
... ¿o debería usarse un chip NAND u otro método?
Si el problema se resolviera sin acceso al firmware, la puerta NAND (cableada como un inversor) sería una buena solución.