Contador incorrecto basado en el oscilador interno MCC de MCU de Atmel

Estoy programando un SAMC21 para un sistema de control y necesito un contador de milisegundos similar a la función de milis en arduino para hacer un seguimiento de las muestras, etc. Para hacer esto, primero configuro un canal de reloj para el oscilador interno (48MHz) cuya salida se divide por 48. Luego configuro un temporizador / contador de 8 bits con un período de 100. Cada vez que el TC alcanza los 100, se desborda y uso una devolución de llamada para llamar a una función que simplemente incrementa mi variable de contador de milis (uint32_t volátil) . Esto funciona bien, pero el contador es bastante más lento de lo que debería y demora entre 5 y 15 segundos por minuto. ¿Por qué es así y cómo podría hacerlo más preciso?

Nota: uso el controlador UART a través de Debug USB para leer el valor del contador.

Aquí está el código que se llama apropiadamente en main:

 void configure_gclock_generator(void) // Configuration of internal oscillator and channel
 {
     struct system_gclk_gen_config gclock_gen_conf;
     system_gclk_gen_get_config_defaults(&gclock_gen_conf);
     gclock_gen_conf.source_clock    = SYSTEM_CLOCK_SOURCE_OSC48M;
     gclock_gen_conf.division_factor = 48;
     system_gclk_gen_set_config(GCLK_GENERATOR_1, &gclock_gen_conf);
     system_gclk_gen_enable(GCLK_GENERATOR_1);
 }
 void configure_gclock_channel(void)
 {
     struct system_gclk_chan_config gclk_chan_conf;
     system_gclk_chan_get_config_defaults(&gclk_chan_conf);
     gclk_chan_conf.source_generator = GCLK_GENERATOR_1;
     system_gclk_chan_set_config(TC3_GCLK_ID, &gclk_chan_conf);
     system_gclk_chan_enable(TC3_GCLK_ID);
 }

void configure_tc(void) // COnfiguration of TC on internal oscillator
{
    struct tc_config config_tc;
    tc_get_config_defaults(&config_tc);
    config_tc.counter_size = TC_COUNTER_SIZE_8BIT;
    config_tc.clock_source = GCLK_GENERATOR_1;
    //config_tc.clock_prescaler = TC_CLOCK_PRESCALER_DIV1;
    config_tc.counter_8_bit.period = 100;
    //config_tc.counter_16_bit.compare_capture_channel[0] = 48;
    tc_init(&tc_instance, CONF_TC_MODULE, &config_tc);
    tc_enable(&tc_instance);
}

void millis_count(struct tc_module *const module_inst) { //millis increment function
    millis++;
    if (millis>=1000000000) {
        millis=millis-start;
        start=0;
    }
}

void configure_tc_callbacks(void) //Set up of Callback for millis function.
{
    tc_register_callback(&tc_instance, millis_count,TC_CALLBACK_OVERFLOW);
    //tc_register_callback(&tc_instance, millis_count,TC_CALLBACK_CC_CHANNEL0);
    tc_enable_callback(&tc_instance, TC_CALLBACK_OVERFLOW);
    //tc_enable_callback(&tc_instance, TC_CALLBACK_CC_CHANNEL0);
}