Si hace doble clic en el bloque Gateway y hace clic en la pestaña "implementación", hay una casilla en la que puede marcar "Especificar restricciones de ubicación IOB".
Luego puede ingresar algo como esto en el cuadro de ubicaciones de la almohadilla IOB debajo:
{'P22', 'P12'}
(si tiene 2 bits, repita según sea necesario si tiene más). Esto es para un paquete con plomo con números simples en cada pin. Si está utilizando un dispositivo BGA, los pines se nombrarán alfanuméricamente. Se explica bastante bien en la AYUDA para los bloques de Gateway.
Puede verificar que esto haya funcionado mirando el archivo .pad en el mismo directorio en el que se creó su archivo .bit: debería poder encontrar las IOB nombradas y ver a qué pin se asignaron. (Hay dos versiones del archivo de relleno, una es un archivo CSV y la otra es una tabla de texto que se ve bien en una fuente monoespaciada)