Depende.
El circuito que enciende y apaga un LED requiere algún tiempo para encenderlo completamente y viceversa. Durante este tiempo, el circuito de conmutación tiene pérdidas mucho mayores que cuando está completamente encendido o apagado. Por esa razón, tales circuitos están diseñados para conmutar lo más rápido posible (donde, por ejemplo, la corriente de compuerta máxima permitida de un MOSFET podría ser un factor limitante para la velocidad máxima). Y la frecuencia de conmutación generalmente se mantiene lo más baja posible, para maximizar el tiempo de encendido / apagado y minimizar la cantidad de "tiempo de conmutación".
Algunos LED pueden ser más eficientes cuando emiten el mismo brillo a través de ráfagas muy cortas de corriente alta frente a una corriente baja continua. En el caso de alta corriente, los LED se calientan muy rápidamente. La temperatura más alta provoca una mejor transferencia de calor lejos del LED, y el "tiempo de apagado" relativamente largo de los LED permite que se enfríe significativamente. Esto puede mejorar la eficiencia sobre el mismo LED cuando se mantiene a una temperatura media constante.
Si bien los efectos se pueden calcular, podría ser mucho más fácil descubrir experimentalmente qué configuración se realiza mejor, dado un entorno / diseño / componentes específicos.