Creo que te refieres a una puerta lógica 'discreta'.
Sí, hay razones por las que puede querer usar una puerta externa. Tomaré un ejemplo real: tengo un microcontrolador que controla una señal de reloj a algunas cajas externas. Debe encender el reloj (varios MHz) a una hora determinada por el microcontrolador y no debe expulsar ningún impulso "runt". Al sincronizar la habilitación con el generador de reloj (un flip-flop) y activarlo (una puerta 'y'), se pueden cumplir las especificaciones. No hay manera de hacerlo solo con el micro.
En otro caso, una señal externa de un comparador debe ser activada por un temporizador en el microcontrolador. El periférico del microcontrolador tiene la capacidad de alternar con precisión (en el tiempo) su pin de puerto, pero no tiene la capacidad de "y" señales con ese estado de pin.
En algunos casos, los microcontroladores han sido equipados con alguna lógica configurable para cumplir con este tipo de requisito (la 'CLC' o 'celda lógica configurable') en las piezas de Microchip, por ejemplo), pero siempre habrá aplicaciones en las que El micro fabricante no anticipó la aplicación. De hecho, a veces vinculamos un FPGA completo con cientos de miles de puertas al micro para obtener suficiente lógica externa para cumplir con los requisitos.