Las únicas tapas que puedo ver que se pueden reducir de manera segura serían las tres tapas 0.1uf entre VIIO y Gnd. Están en paralelo, y tener tres del mismo valor significaría que están filtrando las mismas frecuencias, si las hay. Un solo casquillo de 0.3uf reemplazaría a los tres con la misma facilidad.
Las otras tapas, todas provenientes del riel de 3.3v regulado internamente, son después de un inductor, y son valores diferentes, por lo que estarían allí para suavizar la línea regulada hasta los voltajes necesarios. Puede omitir la tapa de desacoplamiento menor 0.1uf, pero no la 4.7uf.
Como señaló @Relianthe, el diseño tiene pines agrupados por función. Los pines VCCIO no están juntos, por lo que cada uno debe tener su propia tapa de desacoplamiento.