Una práctica común para los chips desoldados es desecharlos. Considérelos como "no confiables".
La desoldadura requiere mucho calor porque todos los pasadores se sueldan a la vez. Esto significa que probablemente dañará / degradará el chip. Realmente no quieres solucionar problemas previsibles. Puede costar muchas horas por el costo de 1 chip (aunque en este caso es un ATMEGA bastante costoso).
Me imagino que este costo de 1 chip en comparación con las horas de depuración de un chip defectuoso es una compensación diferente para el trabajo y el pasatiempo. Pero incluso para mis aficiones no me molesto. Prefiero dedicar 1 hora a escribir algún código que a solucionar un problema que solo apesta el tiempo.
Pero para este caso, hay mejores soluciones. Prepare su tarjeta de destino de tal manera que siempre pueda "en el programa de circuito" el chip. Esto es aplicable para cualquier paquete de destino en estos días, incluso si están programando un chip DIP en un socket. Es mucho más fácil tener una herramienta de programación de circuitos, por lo que no tiene que reposicionar el chip docenas de veces. Además, también puede extenderse a una conexión de depurador en circuito. Para ATMEGA puede usar el ISP para esto.
Como alternativa (no hay espacio para el encabezado del ISP), puede comprar un zócalo ZIF para el paquete QFP que está utilizando. Con este zócalo podría crear una plantilla de programación que encienda el chip y rompa los pines del ISP con su programador. Esto no requiere soldadura y, por lo tanto, no hay tensión térmica para el chip.