Si lo comprendo correctamente, tiene una placa AVR con USB en ella y desea usarla para tomar la salida de un programador en su PC y alternar los pines JTAG en una placa ARM. Esto puede hacerse, pero no es tan fácil como tomar datos de paquetes USB y redirigirlos a los pines JTAG.
El esquema es bastante simple. Este utiliza una serie en lugar de USB, pero el concepto es el mismo.
Si realmente desea una aventura, puede leer la página 244 ARM Debug Interface v5 Arquitectura Especificación y escriba código para implementar todos los comandos, registros y máquinas de estado necesarios. Pero, por suerte, hay un proyecto de código abierto que ya ha hecho todo lo que se llama OpenOCD .
Puede tomar su fuente y transferirla usted mismo, pero hay algunos proyectos que ya han hecho esto a la arquitectura AVR y probablemente sería un mejor punto de partida.
Estick-JTAG
USBProg-JTAG
USBVLab-JTAG