No creo que exista mucho riesgo de corrupción de datos a temperaturas de reflujo en un ciclo corto, aunque quizás quita una pequeña fracción de la vida útil de retención.
La mayoría de los principales proveedores de microcontroladores le venderán dispositivos preprogramados con su firmware, por lo que es lógico que esperen que los suelde. Estoy hablando de preprogramado en flash, no en máscara ROM, y se puede hacer en cantidades modestas.
También es una práctica común de ingeniería inversa desoldar un IC flash de una PCB para leerlo.
Hay ciertos tipos de memoria no volátil más exóticos a los que esto definitivamente no se aplica: datos almacenados en RAM de cambio de fase no sobrevivirá al reflujo, y los MRAM más antiguos de IIRC también fueron susceptibles, aunque hoy en día los fabricantes de MRAM son diciendo que no es un problema.