Recuerde que está utilizando el IC fuera de las sugerencias de la hoja de datos.
Donde con una precisión más degradada, donde ya se encuentra entre el 15% y el 25% nominalmente, puede confundir el controlador, considerando la configuración de corriente relativamente baja (que parece ser de 1,6 A según los comentarios). Esto depende en gran medida de cómo se realice el diseño, así como de cualquier interferencia con el propio IC de control, incluso si no es EMI con la propia MCU, lo que hace coincidir algunas señales de control. Con las piezas de Atmel y la gran EMI de los motores, esto podría bloquear temporalmente a la MCU.
Un poco más en tus alcances del alcance. Además, cuando el controlador es realmente la potencia de salida, genera una señal adecuada de acuerdo con la entrada de onda cuadrada. Entonces, lo que ve (y no lo hacemos porque la división de tiempo del alcance es demasiado grande en su imagen) es probablemente el controlador que está luchando con algo. Cuando no está conectado a un motor, es muy probable que la salida simplemente siga la entrada.
Para terminar, para saber lo que realmente está sucediendo aquí, debe al menos: verificar los pines de modo, hacer que el paso a paso trabaje con una referencia dentro de los valores adecuados, proporcionar características de devanado (hoja de datos del paso a paso) y, por último, pero no menos importante , un zoom de la captura del osciloscopio cuando el motor está produciendo el sonido chirriante.