Los chips ATMega vienen con el cargador de arranque Arduino

Sí: todas las placas con Arduino etiquetadas con ATMega vienen con el cargador de arranque. Los chips individuales dirán específicamente, generalmente si se los pide a un proveedor de Arduino, entonces tendrán un cargador de arranque, mientras que si se los pide a un proveedor genérico de electrónica, no lo harán.