La respuesta depende en gran medida de la institución a la que asista. Estoy tomando Ciencias de la Computación con un énfasis en sistemas digitales, lo que significa que tomo muchas de las mismas clases que los estudiantes de CE, pero no algunas de las clases de señales o circuitos más avanzados. Las diferencias entre EE y CE no están estandarizadas, algunos lugares incluso se niegan a ofrecer un grado CE y prefieren considerar los dos grados simplemente dos énfasis diferentes en EE.
Creo que la verdadera pregunta aquí es: ¿qué quieres hacer con tu carrera? ¿Quieres obtener un título avanzado? ¿Quieres trabajar con muchos componentes analógicos? ¿Te gusta la programación? Podría seguir y seguir.
Creo que en el panorama general, si yo fuera tú, no me preocuparía demasiado, escoge lo que sea más interesante para ti. Ambos grados se abren básicamente a las mismas trayectorias profesionales, y especialmente si continúas con un grado avanzado, siempre podrás tomar clases sobre lo que puedas haber perdido al no elegir el otro título. He sabido de personas que han obtenido un título avanzado en Ciencias de la Computación después de obtener un título de licenciatura en electricidad, no hay ninguna razón por la que no puedas hacer algo similar una vez que hayas descubierto más tus intereses.
Espero que esto ayude.