Si está usando puertos, necesita (bueno, realmente, realmente, realmente debería) tener un esquema de nivel superior que tenga todos sus esquemas como entidades de hoja y defina las interconexiones entre cada hoja secundaria.
De todos modos, parece que está buscando la opción de menú "Sincronizar entradas de hojas y puertos":
Tambiénpuedeactualizarcadasímbolodelesquemaindividualmentehaciendoclicconelbotónderechoenelsímbolodelesquemaeneldocumentodenivelsuperioryseleccionando"Sincronizar entradas de hojas y puertos" en el menú.
No estoy completamente seguro de si esto responde a lo que estás preguntando, ya que lo estás describiendo de una manera que no he escuchado antes. Si puede publicar el contenido exacto de los errores de compilación del proyecto, probablemente pueda ser más específico.
Si está utilizando puertos de esquemas para conectar esquemas separados sin un esquema de nivel superior que contenga cada hoja secundaria como un símbolo de esquema y cables para dictar la interconectividad de símbolos, bueno ... Haciendolo mal. Debería usar conectores fuera de la hoja para eso (pero de todos modos es una forma terrible de definir la conectividad entre hojas).
Editar:
A partir de los comentarios del OP a continuación, parece que el problema es que el comprobador de errores se queja de que si tiene varias páginas de esquemas con puertos especificados como "salida", que están conectados entre sí, esto producirá un error. Si bien este error puede ser muy útil, hay muchas situaciones en las que desea conectar varias salidas juntas (piense en varios esclavos SPI. Las salidas son de tres estados hasta que se afirma CS).
La generación de errores de interconexión se genera mediante la configuración en la página "Matriz de conexión" del cuadro de diálogo "Opciones del proyecto". Busque el cuadro en las intersecciones de los dos tipos de pin o puerto para los que desea modificar el informe y, a continuación, haga clic en el cuadro para alternar entre las posibles opciones de generación de errores o advertencias.