En un esquema, los cables son perfectos y tienen impedancia cero, por lo que ambos esquemas son exactamente iguales. En un esquema, el objetivo es la máxima claridad. No importa que se vea diferente a su tablero, siempre que lo organice de la manera más fácil de entender.
En un circuito real, los cables y las trazas tienen resistencia e impedancia, por lo que si son lo suficientemente largas, la forma en que se organizan las cosas puede ser importante. Depende de las corrientes, frecuencias, tipo de circuito, etc.
Si este fuera el caso aquí, la persona a cargo del esquema escribiría una nota junto a los componentes para la persona que realiza el diseño.