Lo que estás tratando de hacer realmente no funcionará. Primero, un "programa C" no consume una cantidad particular de energía.
Un programa en particular que realiza una tarea en particular en un procesador en particular puede causar un aumento razonablemente medible en el consumo de energía de ese procesador, o no. El consumo de energía de un procesador solo cambiará significativamente si, de lo contrario, entraría en algún tipo de modo de bajo consumo si el "programa" no se estuviera ejecutando. En muchos sistemas pequeños, no hacer una cosa solo significa hacer más de otras cosas. El único efecto de ejecutar un fragmento de código en particular podría ser responder con mayor latencia a nuevos eventos, por ejemplo.
Incluso si puede medir un aumento de potencia razonablemente repetible en un procesador debido a la ejecución de un programa en particular, eso es un pequeño indicio de algo útil para la misma tarea realizada de otra manera utilizando una tecnología diferente. Realmente no debe esperar que el aumento de potencia debido a un RPi que ejecuta un programa en particular tenga una correlación significativa con la potencia necesaria para ejecutar un FPGA que realice la misma función.