Si puede reemplazarlo en caso de que falle, puede ser más sencillo probar el experimento que obtener de forma preventiva algo más especializado.
A menos que haya una falla de fabricación, el problema puede ser más sellado a la cubierta del cable que al propio cable con fugas. Es posible que tenga problemas similares si tiene algún lugar donde los cables salgan del casco (especialmente si los cables pelados se mojan en última instancia por el diseño, aunque es probable que cosas como los motores mojados estén reservadas para agua dulce)
Podría considerar presurizar la carcasa en el extremo de la superficie del cable, así como el casco a una presión mayor que la profundidad (aunque tenga cuidado con el riesgo de explosión si utiliza materiales no clasificados para esto)
No está del todo claro lo que está haciendo, aunque no creo que el USB tenga una capacidad de 30 metros (es decir, a la superficie), por lo que probablemente ambos extremos del cable estén en el dispositivo sumergido. En ese caso, ¿puede cortar el conector de un extremo, cubrir el cable con una manguera y soldar los cables nuevamente a un conector compatible o directamente a la PCB?
No estoy muy seguro de lo que quiere decir con el problema biológico, pero si le preocupa contaminar el volumen de agua no intercambiada en algo parecido a un acuario gigante, parecería cubrir el cable en una manguera hecha de un material adecuado y adecuado sabio. ¿O tal vez solo quiere decir que no hay percebes para crecer en él?