Primero, sí, puedes usar el interruptor con ese microcontrolador. Su clasificación de 50 mA significa que no se puede usar para corrientes más altas, por ejemplo, para conducir un motor directamente.
Segundo, si un pin IO en un micro puede soportar 6 mA, eso significa que puede suministrar 6mA cuando se trata de una salida, por ejemplo, para controlar un LED, o para activar un transistor para controlar un motor.
Si le está conectando un interruptor, también configurará el pin (en su programa) para que sea una entrada, y la corriente que tomará es muy pequeña (microamperios).
Normalmente lo harías:
conecte el interruptor del pin a 0V, y una resistencia del mismo pin a + v, o
conecte el interruptor del pin a + V, y una resistencia del mismo pin a 0v.
La resistencia tendrá un valor bastante alto, tal vez 5k o 10k (o hasta 47k). Tira el pin al riel de suministro al que está conectado: si + v, jala el pin alto, y leerás '1' en el micro. Presione el interruptor y tirará del pin a 0 V, conduciendo la corriente a través de esa resistencia (un miliamperio o menos) a tierra. Y como el pin ahora es 0V, leerá '0' de ese pin en el micro.