No debería. Los tiempos i2c del DS1307 se miden en segundos micro y nano. Los intervalos de 20 ms no son nada comparados con eso. Siempre y cuando proporcione al menos 4.7 µs entre las señales de Parada y Inicio de I2C, debería estar bien.
Además:
Al leer o escribir los registros de fecha y hora, se utilizan buffers secundarios (de usuario) para evitar errores cuando se actualizan los registros internos. Al leer los registros de fecha y hora, los buffers de usuario se sincronizan con los registros internos en cualquier INICIO I2C. La información de tiempo se lee de estos registros secundarios mientras el reloj continúa ejecutándose. Esto elimina la necesidad de volver a leer los registros en caso de que los registros internos se actualicen durante una lectura. La cadena divisora se restablece cada vez que se escribe el registro de segundos. Las transferencias de escritura se producen en el reconocimiento I2C del DS1307. Una vez que se restablece la cadena de divisor, para evitar problemas de transferencia, los registros de fecha y hora restantes deben escribirse en un segundo.
Teniendo en cuenta que Dallas / Maxim no muestra un tiempo de encuesta mínimo a continuación, eso sugiere que estás bien.
Pero una pregunta, ¿por qué sondearlo tan a menudo?