No me molestaría con un convertidor reductor para cargar el condensador. Simplemente conecte la salida de los puentes de onda completa directamente al condensador y use un regulador de derivación para asegurarse de que el voltaje no supere el nivel que desee. Solo un diodo Zener podría hacer.
Realmente no importa cuál es la carga en el motor cuando el condensador ya está lleno. Además, los motores paso a paso son generadores bastante malos, por lo que probablemente no notarás mucho cambio de carga en el eje de todos modos.
Además, ¿está seguro de que su convertidor boost puede funcionar desde solo 600 mV? Eso es bastante bajo. Un suministro de arranque podría ayudar. Esto significa que el convertidor de refuerzo necesita un voltaje más alto para ponerse en marcha, pero una vez que lo hace, crea su propio voltaje de fuente de alimentación para que pueda funcionar con un voltaje de entrada muy bajo. Básicamente, los componentes electrónicos del convertidor elevador obtienen energía del mismo voltaje con el que se está ejecutando el LED, y solo la energía de entrada proviene del capacitor. También habrá un diodo Shottky desde la tapa hasta el LED, de modo que cuando la tapa esté a 2.5 V, el convertidor de refuerzo tenga 2 V o más para operar. Definitivamente, puedes hacer un convertidor de impulso que se ejecute desde eso inicialmente, y luego sobre 3 V una vez que se inicie y ejecute el LED.