Las señales de control son generadas por la etapa de decodificación. Si recuerdo correctamente (han pasado como siete años ...), las señales de control pasan a través de los registros de la tubería entre cada etapa, por lo que se propagan por la tubería con el resto de los datos de la instrucción.
Creo que la pregunta es en realidad cuántos ciclos se requieren para generar las señales de control. Para una implementación de un solo ciclo y canalizada, solo se necesita un ciclo para decodificar la instrucción (para la canalización, los resultados de la decodificación se pasan a cada etapa en sucesión una vez que se generan).
Sin embargo, el procesador de ciclos múltiples generará diferentes señales de control durante cada ciclo.