Esto cae bajo el tema de "cambios permisivos". La FCC tiene un documento llamado POLÍTICA DE CAMBIO PERMISIVO que describe qué se puede o no se puede cambiar sin requerir una nueva ID de la FCC.
En la sección 2 c). dice: "Sustitución de piezas: se pueden sustituir piezas eléctricamente idénticas".
Supongo que las dos baterías tienen el mismo voltaje, pero ¿quizás diferentes capacidades (mAh) o químicas? Por ejemplo, no debería ser un problema permitir baterías recargables o no recargables en el mismo paquete (como dos AA). Sin embargo, si las dos variantes de la batería son sustancialmente diferentes en tamaño, se podría argumentar que afectaría el rendimiento de RF del dispositivo (ya que tienen una carcasa de metal) y requiere una nueva prueba.
Es posible que su centro de pruebas de radiofrecuencia le pueda dar alguna orientación sobre si los tamaños de las baterías podrían afectar los resultados.