Para esta respuesta, voy a definir LiPo como paquetes planos y Li-Ions como 18650s. La realidad es más complicada que eso, pero creo que esta forma de definir los términos ayudará a responder a su pregunta como parece haberlo pensado.
Tradicionalmente, los modelos 18650 no admitían aplicaciones de alta corriente, se consideró que una calificación de corriente continua de 5A era alta. Los modelos 18650 que soportan una corriente continua de 20A fueron más o menos desconocidos hasta que aparecieron en el mercado células de alta potencia como la Sony VTC3. (Y, como regla general, los 18650 que afirman admitir más de 20A continuos, incluso hoy en día, simplemente están sobrevalorados).
Muchas de las razones por las que los drones usan lipos son probablemente una tradición, debido a esto.
Cuando dices que los LiPos tienen una densidad de energía más baja, te refieres a una menor proporción de energía a volumen, ¿verdad? Estoy bastante seguro de que tienen una proporción de energía / peso mayor o al menos tan alta, como los Li-Ions. 18650 Li-Ions tienen una carcasa de metal. Eso es un peso innecesario.
El factor de forma plana de muchos LiPos probablemente también ayuda con el enfriamiento.