Hay varias razones por las que querría que sus señales estuvieran aisladas eléctricamente entre dispositivos.
La razón principal por la que suelo pensar primero es en diferentes potenciales de tierra. La forma más sencilla de pensar esto es si están conectados 2 nodos de una red que están usando diferentes referencias a tierra. Tengo un ejemplo de la vida real con el que he tratado personalmente. Teníamos 2 conmutadores de red de computadora que estaban conectados con un cable CAT5 en 2 edificios adyacentes. El potencial de tierra era lo suficientemente diferente entre cada conmutador como para que los puertos que se estaban utilizando dejaran de funcionar.
Otra extensión de mi ejemplo anterior es poder proteger una falla en un dispositivo para no dañar el otro. Esto podría ser de una oleada actual, o estática, o muchas otras cosas.
Otra razón es limitar el ruido en un sistema para que no llegue a otro.
Y una última razón que conozco es para ayudar a prevenir descargas eléctricas, especialmente en entornos marinos. Hay ciertos elementos en un bote que entrarán en contacto con el agua que tienen una buena posibilidad de tener un voltaje en ellos. No quieres que el agua salada sorprenda a nadie.
Puede haber otras razones, pero esta es mi conocimiento.